L'Église réformée du Québec a adopté la Croix Huguenote comme logo pour établir un lien avec les Réformes historiques françaises et suisses, le patrimoine du protestantisme francophone, et les confessions des XVIe et XVIIe siècles qui résument l'enseignement biblique. Bien que l'Église n'ait pas de liens génétiques directs avec les Huguenots, la Croix Huguenote sert de symbole puissant d’un héritage spirituel commun. Elle rappelle à la communauté la riche tradition des vérités bibliques maintenues tout au long de l'histoire par les protestants francophones et aligne l'Église sur une tradition réformée plus large. L'emblème est non seulement une représentation de ces liens historiques, mais aussi un lien visible avec les chrétiens de toutes les époques, soulignant l'engagement de l'Église envers la continuité de la foi et les principes établis durant la Réforme.

La symbolique de la Croix Huguenote est particulièrement riche, encapsulant des éléments de foi, de loyauté et des luttes historiques du protestantisme français. En son cœur se trouve la croix, symbole central de la foi chrétienne qui représente non seulement la mort du Christ, mais aussi sa victoire sur la mort et l'appel à la piété; cela est également reflété dans la croix de Malte. Les bras de la croix sont boutonnés, avec huit pointes symbolisant les huit Béatitudes (Matthieu 5:3–12). Entre les bras se trouve la croix de l'Ordre du Saint-Esprit, et à l'intérieur de chaque bras apparaît une fleur de lys stylisée. Chaque fleur de lys contient trois pétales, et collectivement les douze pétales signifient les douze apôtres. Les espaces ouverts entre chaque fleur de lys et les bras de la croix de Malte ont la forme de cœurs, symbolisant la loyauté. La colombe suspendue sous la croix symbolise le Saint-Esprit (Romains 8:16), et en temps de persécution, une perle symbolisant une larme remplaçait la colombe, signifiant les luttes et l'endurance de la foi.